Joanna doznała wiele cierpień duchowych. Widziała, że jest w stanie skutecznie doradzać innym, sama zaś nie zawsze mogła uporać się z sobą. Trapiła ją „ciemna noc duszy”: dręczyły momenty całkowitego zwątpienia. Pokusy te nachodziły ją przez ponad czterdzieści lat. Odpowiedzią było wierne przylgnięcie do Boga.
